Les doctorant·es du programme doctoral 2025
Découvrez les portraits des 10 doctorant·es lauréat·es d'un contrat doctoral InLife & IPV.
Pauline Autin
Après deux années en classe préparatoire aux grandes écoles (filière PCSI-PC), j’ai poursuivi mon cursus à Sorbonne Université, d’abord en troisième année de licence mono-disciplinaire de physique puis en Master 1 de Physique fondamentale et appliquée (PFA). J’y ai découvert la biophysique, un domaine qui m’a poussée à m’orienter vers le Master 2 Systèmes Biologiques et Concepts Physiques (SBCP). Je prépare actuellement une thèse de doctorat en biophysique au laboratoire Jean Perrin.
Titre et résumé de la thèse : Étalement de colonies de bactéries par effet Marangoni
Lorsque l’on dépose une colonie de Pseudomonas aeruginosa sur un gel d’agar, celle-ci s’étale en formant des motifs branchés. Ce phénomène résulte d’un couplage entre des facteurs biologiques tels que la motilité bactérienne, et de processus physiques. Ces derniers sont induits par la sécrétion de diverses substances par les bactéries, notamment des tensioactifs. L’objectif de ma thèse est de proposer un modèle physique capable d’expliquer l’émergence de ces motifs, en me fondant principalement sur une approche expérimentale, appuyée par des arguments théoriques.
Simon Berthe
Après l’obtention d’un baccalauréat Franco-Allemand en 2020, Simon commence ses études à l’interface entre la chimie et la biologie à l’Université Clermont Auvergne, où il développe un intérêt pour la biochimie et l’interconnexion entre la fonction biologique et la composition chimique des protéines. Après sa licence, Simon rejoint le master chimie et sciences du vivant co-accrédité par Paris Sciences et Lettres & Sorbonne Université afin de poursuivre sa formation à l’interface entre la chimie et la biologie. Durant son master, Simon rejoint le laboratoire du Pr. Arnaud Gautier afin de travailler sur le développement de senseurs chimiogénétiques innovants pour l’étude des systèmes biologiques. À la fin de son master, Simon a passé le concours doctoral du programme Interface Pour le Vivant de Sorbonne Université et a reçu un financement pour son projet de doctorat sous la supervision du Pr. Arnaud Gautier et du Dr. Franck Perez pour le développement de senseurs chimiogénétiques fluorescents pour l’étude des forces dans les cellules mammifères.
Titre et résumé de la thèse : Senseurs Chimiogénétiques Fluorescents pour l'étude du rôle des forces et de la tension dans le trafic intracellulaire
Les forces physiques s'imposent comme des régulateurs essentiels des processus biologiques, en contrôlant la migration, la différenciation et le comportement cellulaires. Comprendre comment les cellules convertissent des signaux mécaniques en signaux biochimiques nécessite des outils capables de mesurer ces forces à l'échelle moléculaire dans des cellules vivantes. L'objectif de ce projet de thèse est de concevoir des capteurs fluorescents chimiogénétiques innovants, permettant de dépasser les limites des outils actuellement disponibles.
Ces capteurs reposent sur des systèmes protéiques capables de se déplier sous l'effet de forces mécaniques, exposant ainsi une séquence peptidique cryptique qui peut recruter de manière réversible une protéine partenaire de plus grande taille. En présence d'une molécule fluorogène, ce recrutement génère un signal fluorescent uniquement lorsqu'un seuil de force défini est atteint au sein de protéines mécanosensibles, rendant ainsi le capteur à la fois spécifique et versatile. Ces capteurs seront ensuite utilisés pour étudier le rôle de la mécanotransduction dans des processus cellulaires clés, avec un intérêt particulier pour la voie de sécrétion des protéines.
Emmanuelle de Bressy
Après un diplôme d'ingénieur en Génie Biologique obtenu à l'Université de Technologie de Compiègne en 2024, j'ai travaillé un an en tant qu'ingénieure qualité dans la robotique chirurgicale, avant de commencer ma thèse en octobre 2025.
Titre et résumé de la thèse : Ingénierie de la diversité des fibroblastes
L'objectif de ma thèse est de comprendre comment une cellule progénitrice peut se différencier en un fibroblaste spécifique des différents types de tissus conjonctifs de l'attachement musculaire. J'identifierai pour cela les signaux moléculaires, l'environnement 3D et les paramètres mécaniques qui influent sur la différenciation, en utilisant des approches combinées de biologie du développement et d'ingénierie tissulaire. Cela pourrait permettre de mieux comprendre les mécanismes liés à la fibrose observée dans la cicatrisation des tendons et les dystrophies musculaires.
Elisa Bouvier
J’ai débuté mon parcours en 2020 à Sorbonne Université en intégrant une licence bi-disciplinaire chimie-biologie, incluant une dernière année en échange académique à Université de Toronto. J’ai ensuite poursuivi en master Chimie Sciences du Vivant à PSL et Sorbonne Université, au cours duquel j’ai réalisé plusieurs stages de recherche toujours à l’interface entre la chimie et de biologie pour le développement de stratégies thérapeutiques innovantes. Ces expériences m’ont conduite à mon projet de doctorat démarré en octobre 2025 en codirection entre l’équipe Chembio du laboratoire IPCM à Sorbonne Université et l’équipe TGF-β du Centre de Recherche Saint-Antoine.
Titre et résumé de la thèse : Conception et développement de MetalloPROTACs, une stratégie anticancer pour la dégradation ciblée de protéines d’intérêt
Depuis la découverte du cisplatine, les composés métalliques ont suscité un intérêt considérable en thérapie anticancéreuse, bien que leur application clinique reste limitée par des problèmes de sélectivité. Améliorer leur efficacité nécessite donc une compréhension plus approfondie de leurs mécanismes d’action et de leurs cibles biologiques. Récemment, l’équipe ChemBio de l’IPCM a développé des composés à base d’iridium(III), parmi lesquels un candidat prometteur a montré qu’il cible Hsp90, une chaperonne moléculaire clé impliquée dans le repliement des protéines oncogéniques. Hsp90 joue un rôle central dans le contrôle de la qualité des protéines en favorisant soit leur stabilisation, soit leur dégradation par le protéasome, ce qui en fait une cible thérapeutique attractive en cancérologie. En parallèle, la technologie PROTAC a introduit de nouvelles stratégies de dégradation ciblée des protéines, bien que ses limitations actuelles nécessitent le développement d’approches alternatives. Ce projet doctoral interdisciplinaire vise à concevoir et synthétiser des métalloHEMTACs à base d’iridium, exploitant les interactions entre Hsp90 et les ligases E3 afin d’induire la dégradation protéasomale de protéines oncogéniques. Comme preuve de concept, les kinases CDK4/6, surexprimées dans les cellules cancéreuses et impliquées dans la résistance thérapeutique, seront ciblées.
Jackson Carter
Je m’appelle Jackson Carter et je suis originaire du Colorado aux États-Unis. J’ai fait ma licence en physique fondamentale à l’Université Paris-Saclay, puis mon master en physique théorique à l’ENS-PSL. Pendant mes études, j’ai effectué des stages en astrophysique stellaire à l’Institut d’Astrophysique Spatiale (IAS) et en physique mathématique à l’Université de Durham, où j’ai travaillé sur la gravitation quantique.
Plus récemment, je me suis intéressé à l’intelligence artificielle et à ses applications en biologie. J’ai étudié la paléontologie et la biologie évolutive au Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), puis effectué un stage au CR2P, où j’ai utilisé des méthodes de deep learning pour reconstruire des fossiles endommagés. Cette expérience m’a conduit à mon projet de doctorat.
Titre et résumé de la thèse : Au-delà de la morphométrie géométrique 3D via apprentissage profond
Mes recherches actuelles portent sur le développement de nouvelles approches en apprentissage profond pour analyser des formes biologiques en 3D. Traditionnellement, la morphologie est étudiée à l’aide de la morphométrie géométrique, qui repose sur un ensemble de points de repère anatomiques, mais qui peut passer à côté d’une grande partie de l’information contenue dans les structures 3D. À l’inverse, je m’intéresse à des méthodes qui traitent les maillages 3D directement, menant à des analyses plus complètes et automatisées.
En particulier, je travaille avec des méthodes de deep learning géométrique, comme le flux neuronal, la cartographie fonctionnelle ou encore le transport optimal, qui permettent de quantifier les différences de forme directement. J’utilise aussi des réseaux de neurones sur graphes pour générer des cartes d’activation, ce qui permet de visualiser quelles régions des structures 3D diffèrent entre espèces ou groupes.
Pendant mon doctorat, je vais développer et valider ces méthodes sur des ensembles de données de vertébrés actuels, avant de les appliquer à du matériel fossile. Je vais notamment étudier la variation morphologique au sein d’une grande population de dinosaures du Crétacé provenant du site d’Angeac-Charente. Ce travail s’inscrit dans une démarche plus large visant à proposer de nouvelles approches automatisées pour étudier l’évolution des formes en biologie et en paléontologie.
Sam Gaborieau
Après avoir fait une licence et mon M1 de physique à Sorbonne Université, j’ai réalisé le M2 MMMP (Physique Macroscopique et Modélisation Mathématiques) entre Dauphine et l’ENS, durant lequel j’ai fait un stage de biophysique au Collège de France. Après cela, j’ai rejoint le M2 ICFP (International Center for Fundamental Physics) dans le parcours de Matière Molle et Biophysique. Cela m’a amené à faire mon stage au PMMH sur le mouvement collectif des poissons, qui a finalement mené à une thèse sur le même sujet.
Titre et résumé de la thèse : Étude numérique et expérimentale des transitions de phase dans le mouvement collectif des poissons
Ma thèse consiste à étudier comment des perturbations des mécanismes sensoriels dans les interactions locales entre les individus amènent à des transitions de phase dans le mouvement global du banc de poissons. Un exemple de perturbation est un changement de luminosité, qui va altérer leur vision. On étudie leurs mouvements par des expériences contrôlées en laboratoire sur des groupes de poissons, et on essaye de reproduire ces mêmes comportements par des simulations d’un modèle mathématique.
Andrea Tarabini
Mon intérêt de longue date pour la génétique m'a conduit à entreprendre une licence en sciences biologiques à l'Université Milano-Bicocca, obtenue avec mention en 2022. Au cours de mes études de premier cycle, je me suis particulièrement intéressé à l'ADN en tant que molécule codant l'information sous-jacente à la complexité et à la diversité du vivant. Lors de ma dernière année de licence, j'ai découvert la bioinformatique, qui m'a offert une nouvelle perspective sur la recherche biologique. La possibilité d'aborder des questions biologiques complexes à travers une approche interdisciplinaire intégrant des ensembles de données hétérogènes m'a fortement incité à me spécialiser dans ce domaine. J'ai ensuite entrepris un master en bioinformatique et génomique computationnelle, programme conjoint entre l'Université Milano-Statale et le Politecnico di Milano, obtenu avec mention en 2025. Cette formation m'a permis de consolider mes connaissances en génomique et de développer les compétences quantitatives et informatiques nécessaires à l'analyse de jeux de données biologiques complexes et à grande échelle. Ma transition progressive de la biologie classique vers la génomique computationnelle a été guidée par un intérêt constant pour la compréhension de la structure et de la fonction du génome ; je suis particulièrement enthousiaste à l'idée d'étudier ces questions dans un environnement de recherche et de poursuivre ma formation dans le cadre du programme doctoral de l'IPV.
Titre et résumé de la thèse : Impact des Variants Structuraux sur l'Évolution du Génome et du Protéome chez Saccharomyces cerevisiae
Les Variants Structuraux (SV) sont des réarrangements génomiques affectant l'ADN à grande échelle. En modifiant le dosage génique, en perturbant les séquences codantes ou en créant de nouvelles fusions géniques, les SV sont plus susceptibles d'influencer la fonction des gènes que les Variants Mono-Nucléotidiques (SNV). Pourtant, les impacts fonctionnels et évolutifs des SV restent mal compris, ce qui reflète la plus grande complexité de leur détection par rapport aux SNV. L'avènement des technologies de séquençage à lecture longue (LRST) a permis de surmonter les limites historiques de la détection des SV, en permettant l'assemblage de génomes de qualité de référence à l'échelle de populations et en favorisant l'émergence d'un paradigme pangénomique. En tirant parti des LRST, nous avons généré le S. cerevisiae Reference Assembly Panel (ScRAP), le premier pangénome de référence chez la levure, comprenant des génomes de télomère à télomère issus de centaines de souches couvrant la diversité génomique de l'espèce. Le ScRAP a révélé plus de 36 000 SV, dont beaucoup affectent des gènes codant des protéines. Cependant, les conséquences fonctionnelles de ces variations sur l'expression génique et l'évolution des protéines restent largement inexplorées. Ce projet de doctorat vise à caractériser l'impact des SV sur l'évolution du répertoire génique et à quantifier leurs effets sur l'expression génique au niveau protéomique. En exploitant le ScRAP et des données de protéomique quantitative nouvellement générées, nous évaluerons comment les SV influencent l'abondance des protéines et identifierons de nouvelles protéines issues de SV, notamment des protéines de novo et chimériques. Nous étudierons également les propriétés structurelles de ces nouveaux domaines protéiques afin d'évaluer la contribution des SV à l'évolution du repliement des protéines. Enfin, nous explorerons l'importance évolutive et adaptative des SV en associant leur présence à des traits phénotypiques dans différentes niches écologiques. En combinant des expertises en génétique de la levure et en biologie computationnelle, ce projet vise à apporter de nouvelles connaissances sur le rôle des SV dans l'expression génique et à mettre en évidence comment les réarrangements structurels à grande échelle contribuent à l'évolution du génome et à l'innovation moléculaire.
Varmitha Thiruchelvam
Animée par un fort intérêt pour la recherche à l’interface entre la biologie et la chimie, j’ai d’abord obtenu une licence à l’Université Paris-Saclay, où j’ai acquis de solides bases dans ces deux disciplines. Afin de développer mon expertise en chimie, j’ai ensuite choisi de me spécialiser en chimie moléculaire dans le cadre d’un master. En deuxième année de master, j’ai intégré le laboratoire CPCV à Sorbonne Université, où j’ai travaillé sur des peptides pénétrants dérivés des homéoprotéines, un projet à la croisée de la chimie et de la biologie. Je poursuis actuellement cette thématique de recherche dans le cadre d’un doctorat financé par les programmes doctoraux IPV et InLife, où je continue à développer mon projet à l’interface de la biologie et de la chimie.
Titre et résumé de la thèse : Nouvelles homéoprotéines et peptides de pénétration cellulaire chimiquement modifiés aux propriétés améliorées pour des applications thérapeutiques
Les homéoprotéines (HP), régulateurs clés de l’expression génétique, possèdent dans leur séquence un domaine de pénétration cellulaire (domaine CPP). Ce projet doctoral vise à concevoir des homéoprotéines et CPP dérivés chimiquement modifiés pour améliorer leur efficacité d’entrée dans les cellules et leur potentiel thérapeutique en substituant un résidu clé impliqué dans le processus d’internalisation de l’HP. Pour ce faire, de nouveaux analogues non canoniques d’acides aminés seront conçus, synthétisés et incorporés dans un premier temps dans un CPP dérivé d’homéoprotéine afin d’améliorer l’efficacité d’internalisation. Les analogues d’acides aminés synthétiques les plus intéressants seront ensuite incorporés dans la protéine entière. La synthèse s’appuiera sur la chimie des peptides (SPPS), la ligation chimique native (NCL) pour surmonter les limitations techniques liées à la taille et à la nature chimique des HP modifiées. Les propriétés biologiques des dérivés CPP et HP seront évaluées : cytotoxicité, efficacité d’internalisation et adressage intracellulaire. Des études structurales et biophysiques seront également réalisées.
Ce projet interdisciplinaire, co-encadré par les laboratoires CPCV (SU) et BioCIS (CYU), permettra de mieux comprendre le mécanisme d’entrée des HP et CPP et de concevoir des vecteurs peptidiques innovants. Il posera les bases de futurs développements thérapeutiques reposant sur des HP améliorées chimiquement, dotées d’une meilleure pénétration cellulaire.
Yi Yuan
Diplômée d’une licence en sciences biomédicales à l’Université Paris Cité, j’ai poursuivi mes études en master Chimie et Sciences du Vivant à PSL et Sorbonne Université, avec une spécialisation à l’interface entre chimie, biologie et biomatériaux. Au cours de mon parcours, j’ai développé une expertise en synthèse de nanomatériaux, de biomolécules et de petites molécules, ainsi qu’en caractérisation physico-chimique et en biologie cellulaire. Mes expériences en recherche, notamment à l’ENS-PSL et à l’ETH Zürich, m’ont permis de travailler sur des nanoparticules théranostiques, des catalyseurs biomimétiques et des agents d’imagerie innovants.
Titre et résumé de la thèse : Antioxydants à base de manganèse et délivrance
Les maladies inflammatoires intestinales sont liées à un déséquilibre du stress oxydatif dans les cellules intestinales. Cette thèse s’appuie sur des complexes de manganèse qui sont capables de mimer l’activité d’enzymes antioxydantes naturelles.
Mon travail consiste à concevoir et synthétiser des dérivés de ces complexes afin d’en améliorer la stabilité dans des environnements biologiques complexes. Ces composés seront ensuite encapsulés dans des vésicules extracellulaires, utilisées comme vecteurs biologiques pour favoriser leur protection, leur ciblage et leur efficacité.
L’objectif est de développer une stratégie innovante combinant chimie de coordination et systèmes de délivrance biologiques pour renforcer l’activité anti-inflammatoire et ouvrir de nouvelles perspectives thérapeutiques.